박사원은 신학석사, 신학박사, 철학박사 과정을 통괄 관장하는 행정기구로서 다음의 운영지침에 의거하여 운영한다.

제1조 (명칭)
합동신학대학원대학교 내의 신학석사(Th.M.), 신학박사(Th.D. in Preaching, Th.D. in Missions, 석·박사 통합 Th.D.), 철학박사(Ph.D.) 과정 전체를 아울러 관 장하는 교육행정기구를 박사원이라 칭한다.

제2조 (목적)
목회학석사(M.Div.) 교육의 미진한 점의 보충과 목회자에 대한 보다 고급화된 신학 교육의 제공이 절실히 요청되는 현실과 더불어 신학석사 이상의 과정에 등록하는 학생의 수가 빠르게 증가하는 추세에 있는 바, Th.M. 이상의 고급 신학 교육과정을 전체적으로 그리고 장기적으로 기획하고 기대에 부응하는 양질의 교육이 제공되는 환경이 원만히 조성될 수 있도록 행정적으로 돕는 것을 목적으로 한다. 또한 재학 생들 간의 원활한 교제와 동문으로서 일체감 형성을 이루기 위해 행정적으로 지원 하는 목적도 갖는다.

제3조 (운영)
총장에 의해 임명된 박사원장이 박사원의 교육목표, 교육과정, 교육환경 등을 관장 한다.

제4조 (행정범위) 

박사원의 관장 범위는 다음과 같다: 신학석사 Th.M. 과정; 신학박사 Th.D. in Preaching, Th.D. in Missions, Th.D. 석·박사 통합 과정; 철학박사(Ph.D.) 과정.

제5조 (학사) 

박사원 재학생의 학사와 교무 행정 전반은 원칙적으로 합동신학대학원대 학교 학칙과 학사에 관한 시행세칙을 따르되, 박사원 학제 사정상 이 규칙들의 적용이 적 절치 않은 사안이거나 기타 박사원에 특수한 사안이 발생할 경우 박사원장과 교무 처장이 협의하여 학칙과 학사에 관한 시행세칙을 형편에 맞게 적용한다. 

제6조 (기타 학사) 

학생의 등록, 휴학, 복학, 제적, 자퇴, 장학, 상벌과 징계 등은 원칙적으로 합동신학 대학원대학교 학칙과 학사에 관한 시행세칙을 따른다. 

제7조 (심령수련회) 

재학생의 경건 생활의 증진을 위해 필요하다고 판단될 시 적절한 횟수의 심령수련 회를 개최할 수 있다. 매년 초에 개최되는 학교 전체의 개강심령수련회에 박사원 재학생 전원은 의무로 참석한다. 단, 박사원 재학생의 참석일수는 박사원장의 판단 에 따라 조정될 수 있다. 

제8조 (원우회) 

재학생은 원우회를 구성하여 재학생 상호 간의 교제 증진과 동문으로서의 일체 감 제고를 위한 여러 가지 활동을 할 수 있다. 원우회 운영에 관한 세칙은 별도로 정한다. 

이 운영지침은 2017년 5월부터 시행된다.