중앙에 펼쳐진 책은 진리의 원천이자 신학의 근거인 성경을 상징한다. 우리 학교는 하나님의 말씀에 능한 사람을 배출하고자 하며, 성경 중심의 신학을 전개해 나갈 것임을 천명한다.
그 안에 쓰여진 라틴어는 'Gratia'와'Veritas'로서 '은혜'와 '진리'이다. 그리스도인은 은혜로 구원을 얻으며(엡 2:8), 오직 예수 그리스도안에만 진리가 있다. (엡 4:21)

외곽선을 이루고 있는 방패는 모든 영적인 선한 싸움을 믿음의 방패(엡 6:16)로 극복하는 성도들의 생동감 넘치는 자세를 상징한다.

방패의 아래 쓰여진 라틴어 'Coram Deo'는 '하나님 앞에서'라는 의미이다. 16세기 유럽 종교 개혁자들이 신앙생활의 성결에 힘쓰면서 생활의 전 영역을 주관하시는 하나님 앞에서 진실하게 살아가고자 다짐하던 표어이다.
방패의 양쪽 측면에 파란색으로 합동신학대학원대학교의 영문 첫 글자 "H"를, 진한 청색으로 배석을 넣도록 만들었다. 진취적인 합동신학대학원대학교의 기상을 나타내고 있다.